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制定凍干曲線和凍干時序主要確定下列數據:
預凍速率
預凍速率的快慢，對產品凍結中晶粒的大小、活菌的存活率和升華的速率均有直接的影響。一般來說，慢凍晶粒大，產品外觀粗糙、不容易損傷活菌，但升華速率快，而速凍則與此相反。通常凍干機是不能調節凍結速率的。如需凍結得快一些，則先將干燥室（箱）預冷至較低溫度，再將制品入箱凍結。若使干燥箱與制品一起降溫，其凍結速率較慢。
預凍溫度
根據預凍方法不同而略有差異。一般來說，擱板溫度應低于制品共熔點5～10oC。
預凍時間
預凍所需的時間要根據不同的具體條件而定，總的原則是應使產品的各部分*凍牢。一般來說，制品裝量多，分裝的容器底不平，托盤與擱板接觸傳熱不良，凍干機制冷能力小，產品的過冷度小，擱板間的溫差大等均應延長預凍時間。反之預凍時間可以縮短。通常擱板式凍干機，干燥箱的擱板從室溫30oC降到-40oC約需2～4個小時，在制品樣品溫度降到預定的zui低溫度后，還需在此溫度下保持1～2小時，才能升華。
水汽凝結器的降溫時間與溫度
在產品預凍結束前30-50分鐘（視其制冷能力決定時間長短）就應使水汽凝結器降溫。溫度降到-40oC左右，起動真空泵抽真空，當產品表面壓力降至10-20Pa以下，起動加熱循環泵，給產品供熱升華。
抽真空時間
預凍結束就是開始抽真空，要求在0.5h左右的時間真空度能達到10Pa；預凍結束就是停止凍干箱冷凍機的運轉，通常在抽真空的同時或真空抽到規定要求時停止冷凍機的運轉。
預凍結束的時間
預凍結束就是停止凍干箱板層的降溫，通常在抽真空的同時或真空抽到規定要求時停止板層的降溫。
開始加熱時間
一般認為開始加熱的時間始于抽真空（實際上抽真空開始，升華即已開始）。開始加熱是在真空度達到10Pa之后，有些凍干機利用真空繼電器自動接通加熱，即真空度達到10Pa時，加熱便自動開始；有些凍干機是在抽真空之后半小時開始加熱，這時真空度已達到10Pa甚至更高。
真空報警工作時間
由于真空度對于升華是極其重要的，因此新式的凍干機均設有真空報警裝置。真空報警裝置的工作時間在加熱開始之時到校正漏孔使用之前，或從開始一直到凍干結束。一旦在升華過程中真空度下降而發生真空報警時，一方面發出報警信號，一方面自動切斷凍干箱的加熱。同時還啟動凍干箱的冷凍機對產品進行降溫，以保護產品不致發生熔化。
真空控制的工作時間
真空控制的目的是為了改進凍干箱內的熱量傳遞，通常在第二階段干燥時使用，待產品溫度達到zui高許可溫度之后即可停止，繼續恢復真空狀態，使用時間的長短由產品的品種、裝量和真空度的數值所決定。也可*階段干燥時使用。
產品加熱的zui高許可溫度
板層加熱的zui高許可溫度根據產品來決定，在升華時板層的加熱溫度可以超過產品的zui高許可溫度因為這時產品仍停留在低溫階段，提高板層溫度可促進升華；但凍干后期板層溫度需下降到與產品的zui高許可溫度相一致。由于傳熱的溫差，板層的溫度可比產品的zui高許可溫度略高少許。
凍干的總時間
凍干的總時間是預凍時間，加上升華時間和第二階段工作的時間。總時間確定，凍干結束時間也確定。凍干總時間根據產品的品種、瓶子的品種、裝箱方式、裝量、機器性能等來決定，一般冷凍工作的時間較長，在18~24h左右，有些產品需要幾天的時間。
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